Kalocsa igen régóta számít lakott területnek, a városban és környékén régészeti emlékek beszélnek erről. A legrégebbi lelet egy i.sz. 300 körüli kelta település maradványait mutatja be. A honfoglaláskor a fejedelmi nemzetség szállásterülete lett.

Államalapító Szent István király 1002 körül megalapította itt az ország második érsekségét, és első érsekévé kinevezte Asztrik apátot, aki elhozta számára a pápától a koronát. Ez idő tájt épült fel a mindenkori érsekek lakhelye, és a székesegyház, amely aztán a történelem viharainak köszönhetően többször is újjáépült.

A kalocsai érsekek gyakran országos hírű hadvezérek, közjogi méltóságok is voltak, mint pl. Csák Ugrin, Tomori Pál. A török megszállás tönkretette Kalocsát, az épületek romba dőltek, a lakosság elvándorolt. Az érsekség is csak 1710 körül települt vissza, és ettől fogva a város jelentős fejlődésnek indult. Az egyházi intézmények, az érseki uradalom határozták meg a település lakóinak életét.

A város érsekei sokat tettek a kultúráért is. Iskolákat alapítottak, létrehozták a (mai) Főszékesegyházi Könyvtárat, nagyarányú építkezésekbe kezdtek.

A XIX. századi kapitalista gazdasági fellendülés elkerülte a várost. Az ipar megmaradt a kisipari keretek között. Fejlődött viszont a város szellemi élete: az országos hírű gimnázium mellett tanítóképző is létesült, és az iskolanővérek Kalocsára telepítésével a nőnevelés ügye is előre mozdult. Sok kulturális egylet tömörítette a civil lakosságot.

Az 1880-as években leváltak a városról az ún. szállások, ahol a mezőgazdaságban dolgozók éltek, és külön települések lettek. A város fejlődése lelassult, és ez a tendencia folytatódott az első világháború után is. Lassan haladt előre a gazdasági élet, melynek akkor − és azóta is − középpontja a fűszerpaprika termesztése és feldolgozása. Előtérbe kerültek a népművészeti hagyományok, és elindult világhódító útjára a kalocsai folklór.
A második világháború után, hasonlóan a többi egyházi központhoz, Kalocsa is a mellőzött települések sorába került. Megszüntettek sok iskolát, a törvényszéket, a jezsuita rendházat, helyettük börtön, fiúnevelő intézet, laktanyák kerültek ide. A 60-as évek táján mégis fejlődésnek indulhatott a város, újra nem kis részben a fűszerpaprikának köszönhetően. Több könnyűipari üzem létesült, és az infrastruktúra helyzete is javult.

Ma a város egy, az építészeti, népművészeti hagyományokat megőrző, hangulatos, ápolt település, amely vonzza a turistákat. Évente három napon június elején a Kék Madár Fesztivál, júniusban/júliusban a Duna Menti Folklórfesztivál irányítja a figyelmet Kalocsára. A millennium évében szoborpark és sétálóutca létesült a város központjában, termálfürdővel gazdagodott, és a történelmi városközponttal, múzeumokkal együtt mindent megtesz azért, hogy jól érezze magát és szép emlékekkel távozzon mindenki, aki Kalocsára látogat.