A város területén a középkorban 11 falu volt, melyekbõl kialakult az a település, mely 1398-ban már civitas, 1401-tõl pedig oppidum. A városiasodásban jelentõs szerepet játszottak a szerzetesrendek (a ferencesek 1475-ben, a pálosok 1638-ban telepedtek le Pápán), illetve a nagybirtokos családok (Zápolya, Török, Esterházy). A városban szinte a reformáció kezdetétõl hódítottak a protestánsok tanai. Lelkész volt Pápán Sztárai Mihály, a neves író, Huszár Gál és Dávid, akik nyomdászok is voltak. 
Már 1531-ben volt itt református iskola, mely késõbb teológiával és jogakadémiával is bõvült, s a régióban protestáns szellemi központtá tette Pápát. A török korban a védelmi vonal egyik központja volt, fõkapitányi székhely. A pápai erõsség már a XV. században állt, majd a török korban a végvárrendszer egyik tagja lett, s birtokosai között volt a neves katona, Török Bálint is. 1704-ben az õrség Rákóczi mellé állt, 1707-ben pedig császári hadak szállták meg, késõbb pusztulni kezdett. A várat az 1740-es évektõl kezdték kastéllyá átalakítani.
Pápai házak
A török 1594-ben elfoglalta a várost, a lakosság elmenekült; három év múlva a keresztény hadak visszafoglalták Pápát. 1683-ban még egyszer, rövid idõre török kézre került a város. A Rákóczi-szabadságharc idején nyolcszor cserélt gazdát Pápa, és a földesúr, Esterházy Antal is csatlakozott a fejedelemhez. Két évig itt volt Vak Bottyán fõhadiszállása, egyszer pedig a labanc hadak fölégették a várost. A harcok után kezdõdött a mai, mûemlékileg védett belváros kiépítése. A várat átépítették kastéllyá, a várat keleti irányból védõ tavat lecsapolták, a fõtérre monumentális templomot emeltek. 1748-ban Esterházy Ferenc oltalomlevélben engedélyezte a zsidóság letelepedését, s ez segített abban, hogy Pápa regionális kereskedelmi központtá is váljék. A XIX. században az ország harmadik legjelentõsebb izraelita közössége szervezõdött itt, s hamarosan, 1846-ban a harmadik legnagyobb zsinagógát építették föl Magyarországon, s ezt az építkezést Esterházy Pál 100 ezer tégla ajándékozásával segítette.
Térzene a fõtéren
Pápa 1872-ben lett "rendezett tanácsú város", 1929 és 1945 között megyei város volt, 1945-tõl 1983-ig járási székhely. A II. világháború mérhetetlen veszteségeket okozott: a várkastély, a zsinagóga súlyos károkat szenvedett, elpusztult a levéltár, a nagy lélekszámú zsidó közösségbõl nagyon kevesen maradtak életben. A lassan meginduló gazdasági fejlõdés, a városrekonstrukció eredményeképpen Pápa 1989-ben elnyerte a Hild János-emlékérmet. A rendszerváltozás után újraéledtek a református és iskolavárosi hagyományok; új gimnázium épült, és újraindult a református kollégium tevékenysége, s elindult a felsõoktatás újjászervezése is.