Kr. e. 1000 körül vándor umbriaiak telepedtek le a jelenlegi város szomszédságában, és a magaslatokon erõdített településeket építettek. Kr. e. 450 táján ezeket a településeket fokozatosan az etruszkok foglalták el. Az ókori Római Birodalom Kr. e. 295-ben a sentinumi csata után szerezte meg a hatalmat Itália központi részén. Ekkor épült a virágzó Asisium municípium a Subasio hegység teraszain. A római idõk emlékei most is megtalálhatók Assisiben: a városfalak, a fórum, egy színház, egy amfiteátrum és Minerva; ez utóbbi átépítve Santa Maria sopra Minerva (=Minerva feletti Szûz Mária) templom néven ismeretes. 
A 11. században a város független ghibellin közösséggé vált. Állandó harcban álltak a guelf Perugiával. Egy ilyen háborúban történt, hogy Giovanni di Bernardonét, a késõbbi Assisi Szent Ferencet foglyul ejtették, elindítva ezzel azt az eseménysorozatot, amely a ferences rend megalapításához vezetett.
A város a 13. században kezdett az ókori falakon kívülre is terjeszkedni. Ebben az idõben a város pápai fennhatóság alatt volt. Az 1348-as pestisjárvány idején a város hanyatlásnak indult. A Santa Maria degli Angeli bazilikát 1569-ben kezdték építeni. A reneszánsz és az azt követõ évszázadok alatt a város békésen fejlõdött; ezt jelzik a korszak palotái is. 1997-ben Assisit két földrengés sújtotta. Több mûemlék súlyosan károsodott, de a város legfõbb mûemléke, a Szent Ferenc bazilika kevesebb mint két év alatt újra kinyitott. 2000-ben a várost, benne a Szent Ferenc-bazilikát és a többi ferences emlékhelyet a Világörökség részévé nyilvánították.